ごく普通の少年だった不動明は、親友である飛鳥了から、地球の先住民であるデーモンの実在と復活を知らされ、その侵略に対抗するためデーモンと合体しデビルマンとなった。明は、刺客として襲い来るデーモンたちに何とか勝利を収め続けるが、徐々にデーモンたちは人間社会に紛れ始める。そして、ついにデーモンは人類への全面攻撃を開始し、人類社会に多大な被害をもたらした。 さらにデーモンは人間が変化したものであるという間違った情報が広まったことで、大規模な魔女狩りが頻発するようになり、人類社会は崩壊してしまう。明は、人間の愚かさ、残酷さに絶望しつつも、自分と同じようにデーモンの力を得て生き残った者たちを率い、デーモンとの最終決戦に挑むのだった。